Des de 1850, la junta de l’hospital de la Seu d’Urgell volia establir una comunitat de germanes de la caritat, però diverses circumstàncies havien impedit que quallés una comunitat estable. El 1853, el bisbe Josep Caixal pren possessió de la diòcesi i un dels seus propòsits és revitalitzar el servei que l’hospital oferia als malalts i als pobres. Així, el 1858 els administradors d’aquest centre comencen els contactes per aconseguir que Anna Maria Janer es faci càrrec de l’establiment en qualitat de superiora.


A finals de juny de 1859, obtingut el consentiment de les administracions de l’hospital de Castelltort i de la Casa de Misericòrdia i l’autorització del vicari general de Solsona i del bisbe d’Urgell, la mare Janer viatja cap a la Seu acompanyada de dues postulants -Concepció Descarrega i Josefa Selva-. L'1 de juliol, com recull una acta de l’hospital de la Seu, Anna Maria Janer es presenta davant la junta per expressar quina és la seva motivació profunda per acceptar l’encàrrec:


Que ella ha vingut aquí amb l’objecte d’encarregar-se de la direcció interior de l’establiment per esperit de caritat, i no d’interessos acontentant-se en què es mantingui a ella i a les altres germanes sanes i malaltes amb la decència corresponent a la seva classe i que per calçar i vestir se’ls doni per a cadascuna de les germanes la quantitat de cent seixanta reials velló anuals i al mateix temps que a la seva mort se’ls facin els funerals a voluntat de la junta, cedint a favor de la mateixa tot el que guanyessin amb la seva feina.


A partir d’aquí, coneixem bé el que passa: presentació i aprovació de la regla de vida de l'Institut anomenat llavors "Germanes de la caritat" i a més sota el títol de la Verge Immaculada, Sant Vicenç de Paül i Sant Lluís Gonçaga. Les seves dues finalitats quedaven ben definides: l’assistència als pobres i als malalts i l’ensenyament de les nenes. La primera comunitat de l’hospital d’Urgell formada per la mare Janer i les dues postulants que l’acompanyen i Maria Viladomat creixerà de manera que aviat l’hospital es quedarà petit i caldrà demanar el convent de Sant Domènec per a noviciat de la congregació naixent.


No cal dir l'impuls que rep l'Institut durant els primers anys de la mà de la mare Janer que incansable, malgrat la seva edat, no pararà de fundar aquí i allà escoles, cases de caritat i hospitals a Cervera, Tremp, Oliana, Bellver, Sant Andreu, Organyà, Castellciutat, Llívia, les Avellanes. Segons les cròniques més antigues de les fundacions, en aquestes hi va anar personalment a establir les comunitats. En el cas de les escoles, la tàctica era sempre la mateixa: aconseguir que les germanes obtinguessin les places oficials de mestres.